Linnépriset är Societetens äldsta pris tillkommet genom en donation av Linnés änka och med en urkund undertecknad ‘Hammarby d. 8 Sept. år efter wår frälsare Jesu Christi börd 1803. Sara E. Linné’. Celsiusmedaljen i guld är Societetens främsta utmärkelse med stadgar från 1961 och delas endast ut inom fysisk-matematiska klassens ämnesområden. Bergstedtska priset är Societetens näst äldsta pris tillkommet genom en testamentarisk donation den 12 maj 1827 av statssekreteraren E. Bergstedt. Thalénska priset bygger på en donation av fysikprofessorn Robert Thalén och dess stadgar går tillbaka till 1902. Lilly och Sven Thuréus priser tillkom genom en donation 1971. Det var från början ett enda pris men har genom en permutation blivit fyra priser årligen, ett i var och en av Societetens fyra klasser. Benzeliusbelöningarna instiftades i början av 1980-talet för att av Societetens egna medel uppmärksamma och belöna yngre förtjänta forskares prestationer. Linnépriset, Lilly och Sven Thuréus priser samt Benzeliusbelöningarna delas ut varje år. Övriga priser delas ut med olika intervall.
För år 2021 har Societeten beslutat att dela ut följande priser:
Lilly och Sven Thuréus priser, ett i vardera av Societetens fyra klasser till
Universitetslektor Venkata Kamalakar Mutta för sina internationellt uppmärksammade studier av spinnströmmar i grafen och andra material med reducerade dimensioner
Professor Tove Fall för sina framstående studier av hur folksjukdomar som diabetes och hjärtsjukdom påverkas av livsstil och genetik
Professor Sverker Sörlin för sina framstående insatser som pionjär inom miljöhistoria, eller ”miljöhumaniora”, i Sverige och internationellt, samt för sin omfattande verksamhet som forskningspolitisk författare och debattör
Professor Oscar Nordström Skans för sina framstående studier inom arbetsmarknadsekonomi
Thalénska priset till Gabriele Messori för hans centrala vetenskapliga insatser som lett till ökad förståelse av extrema väderhändelser och kopplingen till atmosfärens dynamik
Benzeliusbelöningar till:
Mikael Andersson för hans framstående forskning inom området grundläggande magnetiska egenskaper och väteatomers dynamik i material för energitillämpningar
Viktor Ljungström för sina framgångsrika insatser för förståelsen av hematologiska maligniteter
Erik Nylund för sina förklaringsmodeller rörande hur långvarig opioidanvändning kan ha en negativ inverkan på kognitiva funktioner såsom inlärning och minne
Gustaf Almkvist för sina framstående studier rörande den begreppsliga relationen mellan förmögenhetsbrott och förmögenhetsrätt
Miryam de Lhoneux för hennes banbrytande forskning i skärningsområdet mellan språkteknologi och språktypologi
Susanne Lewin för hennes för sin betydande forskning inom mekanik- och bildanalys av patientspecifika implantat
Guiomar Hernández Guttierez för sina insatser för förståelsen för nya miljövänliga elektrolyter som inte innehåller fluor men trots detta visar stor kemisk stabilitet