Linnépriset är Societetens äldsta pris tillkommet genom en donation av Linnés änka och med en urkund undertecknad ‘Hammarby d. 8 Sept. år efter wår frälsare Jesu Christi börd 1803. Sara E. Linné’. Celsiusmedaljen i guld är Societetens främsta utmärkelse med stadgar från 1961 och delas endast ut inom fysisk-matematiska klassens ämnesområden. Bergstedtska priset är Societetens näst äldsta pris tillkommet genom en testamentarisk donation den 12 maj 1827 av statssekreteraren E. Bergstedt. Thalénska priset bygger på en donation av fysikprofessorn Robert Thalén och dess stadgar går tillbaka till 1902. Lilly och Sven Thuréus priser tillkom genom en donation 1971. Det var från början ett enda pris men har genom en permutation blivit fyra priser årligen, ett i var och en av Societetens fyra klasser. Benzeliusbelöningarna instiftades i början av 1980-talet för att av Societetens egna medel uppmärksamma och belöna yngre förtjänta forskares prestationer. Linnépriset, Lilly och Sven Thuréus priser samt Benzeliusbelöningarna delas ut varje år. Övriga priser delas ut efter olika årsintervall.
För år 2018 har Societeten beslutat att dela ut följande priser:
Lilly och Sven Thuréus priser, ett i vardera av Societetens fyra klasser till
Professor Anna Delin, tillämpad fysik vid Kungliga tekniska högskolan, för hennes signifikanta bidrag till teorin kring nanomagnetism
Professor Stefan James, institutionen för medicin och Uppsala kliniska forskningscentrum (UCR), Uppsala universitet, för utvecklandet av nya behandlingar vid akut kranskärlssjukdom och banbrytande insatser knutna till svenska kvalitetsregister
Professor Iain Cameron, juridiska institutionen, Uppsala universitet, försina betydande forskningsinsatser kring mänskliga rättigheter, och polis- och säkerhetsfrågor
Professor Christina Garsten, Swedish Collegium for Advanced Study (SCAS), för sina framstående studier inom organisationsantropologi
Linnépriset till fil dr Daniel Tamarit, för hans avhandling ”Evolution of Symbiotic Lineages and the Origin of New Traits”.
Thalénska priset till docent Karin Schönning, för hennes framstående insatser inom BESIII- och PANDA-experimenten
Bergstedska priset till professor Daniel Brandell, för hans fundamentala studier av jontransporter i polymermaterial
Benzeliusbelöningar till:
Fil dr Iulia Brumboiu, för hennes arbete med kvantfysikaliska beräkningar av elektroniska och magnetiska egenskaper hos stora organiska molekyler med fotovoltaiska tillämpningar och spintronik
Fil dr Li Cadeira Balkeståhl, för hennes arbete med fördelningen av etamesonens sönderfall till tre pi-mesoner, med oöverträffad statistik
Docent Johanna Lindahl, för sin forskning kring zoonoser i låginkomstländer
Fil dr Alfhild Grönblad, för hennes arbete med tillväxthormon och andra substanser som kan reversera kognitiva försämringar
Fil dr Karl Berglund, för hans doktorsavhandling ”Mordens marknad. Litteratur-sociologiska studier i det tidiga 2000-talets svenska kriminallitteratur”
Fil dr Janna Gottwald, för sina framstående studier av mänsklig planeringsförmåga